১৬২৯ সালে বিদ্রোহী মুঘল সেনাপতি খান জাহান লোদি আহমদনগরের নিজাম শাহের সাথে মিলিত হয়ে সম্রাট শাহজাহানের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ করে। বিদ্রোহ দমনে সম্রাট শাহজাহান বুরহানপুরে যাত্রা করেন। সম্রাজ্ঞী মমতাজ তখন চৌদ্দতম সন্তানকে গর্ভে ধারন করেছেন। তাঁর স্বাস্থ্যের অবস্থাও ভালো ছিলো না। গর্ভাবস্থার জটিলতা নিয়েও তিনি তাঁর স্বামীর স্বপ্ন পূরণের জন্য বুরহানপুর যান।
১৬৩১ সালে সন্তান জন্মের সময় নানা জটিলতায় সন্তান বেঁচে গেলেও মমতাজ মারা যান। তাঁর বয়স তখন মাত্র চল্লিশ বছর৷ শোকে কাতর শাহজাহান তাঁর দ্বিতীয় পুত্র শাহ সুজাকে মায়ের দাফনের জন্য উপযুক্ত জায়গা খুঁজে বের করার জন্য আদেশ করেন।
শাহজাহানকে তাঁর জীবনের শেষ আট বছর আগ্রার দুর্গে গৃহবন্দী হয়ে কাটাতে হয়। আওরঙ্গজেব তাঁর বাবাকে আগ্রার লাল দুর্গে বন্দী করেছিলেন। সিংহাসন দখল করে বড় ভাই দারা শিকো ও ছোট ভাই মুরাদ বাকশোকে হত্যা করেন। এরপর মেঝো ভাই শাহ সুজাকে বাংলা থেকে ধরে আনার জন্য পাঠান সেনাপতি মীর জুমলাকে।