১৮৫৭ খৃষ্টাব্দ যখন ইংরেজদের বিরুদ্ধে জিহাদ শুরু হয়, তখন অন্যান্য ওলামায়ে হক্কানীর ন্যায় মুফতী এনায়েত আহমদ (রহ.) ও ইংরেজ সরকারের বিরুদ্ধে মুসলিম মুজাহিদদের আর্থিক ও দৈহিক সাহায্যের পক্ষে ফাতাওয়া প্রদান করেন এবং নিজেও এ আন্দোলনে কার্যকরভাবে অংশ গ্রহণ করেন। ফলে তাঁর বিরুদ্ধে রাষ্ট্রদ্রোহীতার মিথ্যা মামলা করা হয়। অতঃপর তাঁর জন্য আন্দামান দ্বীপে নির্বাসন ও যাবজ্জীবন কারাভোগের শাস্তি নির্ধারণ করা হয়। মুফতী এনায়েত আহমদ (রহ.) এই ঘৃণিত ও বিষাক্ত জন-মানবহীন দ্বীপে সীমাহীন কষ্ট, দুর্ভোগ, যন্ত্রণা ও বিরহের মাঝে সুদীর্ঘ চার বছর অতিবাহিত করেন। সেখানেও তিনি শিক্ষা দান ও লেখালেখি অব্যাহত রাখেন। যদিও সেখানে তাঁর কাছে কোনোই কিতাব ছিল না, তবুও বন্দী জীবনে তিনি তাঁর অসাধারণ স্মৃতিশক্তি ও আল্লাহ প্রদত্ত যোগ্যতার দ্বারা বিভিন্ন বিষয়ের উপর বেশ কয়েকটি কিতাব রচনা করেন। যার বিশুদ্ধতা ও গ্রহণযোগ্যতা স্বীকৃতি উলামায়ে কেরাম দিয়েছেন। "ইলমুস সীগাহ” কিতাবটি ও ঐ কারারুদ্ধ দিনগুলোর একটি মহা স্মৃতি স্মারক।