"চৌধুরী কথন" এর কাহিনী মূলত আবর্তিত হয়েছে দুজন নারী পুরুষের নিজেদের সম্পর্কগুলোর মাঝের টানা পোড়নের গল্পকে ঘিরে। জহির আর অবন্তী আপাতদৃষ্টিতে স্বামী স্ত্রী হলেও তাদের সম্পর্কের মাঝে রয়েছে বিস্তর তফাত। কখনো কখনো সম্পর্কের বাধাগুলো পেরিয়ে তারা দুজন খুব কাছাকাছি এলেও পরমুহুর্তেই নীরার প্রতি জহিরের আকুন্ঠ প্রেম জহিরকে অবন্তীর কাছ থেকে অনেক দূরে সরিয়ে দেয়। এদিকে রফিক আর নীরা তাদের বিবাহিত সম্পর্ককে শুধুমাত্র কাগজের সম্পর্কের মাঝে সীমাবদ্ধ রেখেছে। রফিক কাগজের সম্পর্কের ভেতরটায় প্রাণের সঞ্চার করতে চাইলেও তাতে নীরার যেন বড্ড অনীহা। তবে কি নীরা আজও জহিরের প্রেমে আকুন্ঠ ডুবে আছে? নাকি এর মাঝে লুকিয়ে রয়েছে নিগূঢ় কোনো রহস্য, অতীতের অবর্ননীয় কোনো কষ্টের ইন্দ্রজাল?