জনেন্দ্র নাথ সরকার নওগাঁ জেলার আত্রাই উপজেলার শাহাগোলা গ্রামে জন্মগ্রহণ করেন। তাঁর পিতার নাম বিষ্ণুপদ সরকার। তিনি ১৯৮৬ সালে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীন নাটোর এন এস সরকারী কলেজ থেকে প্রথম বিভাগে প্রথম স্থান অর্জন করে বি.এসসি ডিগ্রি লাভ করেন। ১৯৮৮ সালে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের ফলিত রসায়ন ও রাসায়নিক প্রযুক্তিবিদ্যা বিভাগ থেকে প্রথম শ্রেণিতে দ্বিতীয় স্থান অর্জন করে এম.এসসি ডিগ্রি লাভ করেন। বাংলাদেশ উন্মুক্ত বিশ্ববিদ্যালয় থেকে এমবিএ এবং জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয় থেকে এলএলবি ডিগ্রি অর্জন করেন।
জনেন্দ্র নাথ সরকার বিসিএস (প্রশাসন) ক্যাডারের একাদশ ব্যাচের একজন কর্মকর্তা। তিনি সহকারি কমিশনার (প্রবেশনার) হিসেবে নড়াইল জেলা প্রশাসকের কার্যালয়ে ১৯৯৩ সালে যোগদান করেন।