১৬৬৭ খ্রিস্টাব্দের ৩০শে নভেম্বর আয়ারল্যান্ডের ডাবলিন শহরে জোনাথন সুইফট জন্মগ্রহণ করেন। পিতারও নাম জোনাথন সুইফট। পিতার মৃত্যুর কয়েক মাস পরে পুত্র জোনাথন সুইফট জন্মগ্রহণ করেন। পিতা সম্বন্ধে বিশেষ কিছু জানা যায় না, শুধু জানা যায় যে তাঁর নাম ছিল রেভারেন্ড টমাস। জোনাথন সুইফট ধর্মযাজক ছিলেন কিন্তু ইংল্যান্ডের রাজা প্রথম চার্লসের সমর্থক ছিলেন বলে তিনি নিপীড়িত হয়ে দেশ ত্যাগ করে আয়ারল্যান্ডে এসে বসবাস করতে আরম্ভ করেন। আয়ারল্যান্ডে এসে তিনি ইংল্যান্ডের লিস্টার জেলার মেয়ে অ্যাবিগেল এরিককে বিয়ে করেন। স্বামী মারা যাবার পর অ্যাবিগেল খুব দুর্দশায় পড়েছিলেন।
ছোটো জোনাথন সুইফটকে তার ধাইমা ইংল্যান্ডে নিয়ে যায়। সেখানে হোয়াই হ্যাভেন গ্রামে কিছুকাল বসবাস করার পর জোনাথনের বয়স চার বৎসর হলে তার ধাইমা তাকে আবার আয়ারল্যান্ডে ফিরিয়ে এনে তার চাচা গডউইন সুইফটের জিম্মা করে দেয়। জোনাথনকে চাচা কিলকেনিতে স্কুলে পড়তে পাঠান। চৌদ্দ বছর বয়সে জোনাথন ডাবলিনে ট্রিনিটি কলেজে ভর্তি হয়েছিলেন। ছাত্র হিসেবে বিশ্ববিদ্যালয়ে কোনোদিনই তাঁর সুনাম ছিল না। ১৬৮৫ সালে বিশেষ গ্রেস নম্বর পেয়ে তিনি কোনোরকমে ডিগ্রি লাভ করেন। ১৬৮৮ পর্যন্ত জোনাথন ট্রিনিটি কলেজে ছিলেন তারপর লিস্টারে গিয়ে মায়ের সঙ্গে কিছুদিন (১৬৮৯) বাস করেছিলেন। তারপর ফার্নহ্যামের কাছে খুর পার্কে স্যার উইলিয়ম টেম্পল নামে কূটনীতিকের সেক্রেটারির চাকরি পান। ভদ্রলোকের সাহিত্যিক হিসাবে কিছু খ্যাতি ছিল। মাঝে দু'বার বিরতি ব্যতীত (১৬৯০-৯১) আয়ারল্যান্ডে গিয়েছিলেন 'হোলি অর্ডার' গ্রহণ করতে এবং ১৬৯৪-৯৫ সালে প্রায় পনের মাস বেলফাস্টের কাছে বিলরুট এ ছিলেন। তিনি ১৬৯৯ পর্যন্ত খুর পার্কে ছিলেন এবং শেষ পর্যন্ত মিঃ টেম্পলের দক্ষিণ হস্ত রূপে বিশ্বাস অর্জন করেছিলেন।