পদ্মানদীর মাঝি উপন্যাসের পটভূমি বাংলাদেশের বিক্রমপুর-ফরিদপুর অঞ্চল। এই উপন্যাসের দেবীগঞ্জ ও আমিনবাড়ি পদ্মার তীরবর্তী গ্রাম। উপন্যাসে পদ্মার তীর সংলগ্ন কেতুপুর ও পার্শ্ববর্তী গ্রামের পদ্মার মাঝি ও জেলেদের বিশ্বস্ত জীবনালেখ্য চিত্রিত হয়েছে। কুবের-কপিলা-মালা-রাসুগ শ-নকুল-বুড়া। পীতম মাঝি-ধনঞ্জয়-আমিনুদ্দিন—তারা সবাই এই বিশাল জীবননাট্যের একেকজন কুশীলব। অন্যদিকে রহস্যময়ী পদ্মার মতাে রহস্যময় চরিত্র হােসেন মিয়া।

তিনিই যেন-বা তাদের ভাগ্যবিধাতা। তার ওপরেই নির্ভর করে। ঘুরপাক খায় কতগুলাে জীবন। উপন্যাসের প্রধান চরিত্র কুবের মাঝি। প্রকৃতপক্ষে তাকে কেন্দ্র করেই রূপায়িত হয়েছে এর কাহিনী। মাঝি-জেলেদের প্রতিনিধি কুবের। তার নেতৃত্বে জেলেরা নিজেদের জীবনের কর্মকাণ্ড পরিচালনা করে। কিন্তু কুবেরকে যাপন করতে হয় বিপর্যস্ত জীবন। ভাগ্যের অমােঘ পরিণতির শিকার হয়ে শেষপর্যন্ত কুবেরকেও আশ্রয় নিতে হয় হােসেন মিয়ার রহস্যময় ময়নাদ্বীপে, যেখানে কখনােই যেতে চায়নি সে।