উপন্যাসের শুরুতে ভয়ানক কুয়াশাচ্ছন্ন এক প্রাকৃতিক দুর্যোগের বর্ণনা পাওয়া যায়। অনুজ পূর্ণচন্দ্র থেকে জানা যায় এ ঘটনায় বঙ্কিম বাল্যকালের এক স্মৃতিচারণ করেছেন। আর মতিবিবির চরিত্রটি কোনো কুলত্যাগিনী গৃহস্থ বধূর জীবনের গল্প অবলম্বনে হয়ে থাকতে পারে। কপালকুণ্ডলা উপন্যাসটির উৎস সম্পর্কে তাঁর ছোট ভাই পূর্ণচন্দ্রের কাছ থেকে আরও একটি তথ্য পাওয়া যায়- "বঙ্কিমচন্দ্র নাকি একবার সঞ্জীবচন্দ্র ও দীনবন্ধু মিত্রকে জিজ্ঞাসা করেন কোনও বালিকা যদি ষোল বছর বয়স পর্যন্ত একটি কাপালিকের কাছে বনের মধ্যে নির্জনে প্রতিপালিত হয় এবং সমাজের কিছুই জানতে না পারে তাহলে বিবাহের পর সমাজে আনিত হলে সমাজ সংসর্গে তার মধ্যে কতদূর পরিবর্তন আসতে পারে। কাপালিকের প্রভাবই বা তার উপর কতটা থাকবে?
দীনবন্ধু এ প্রশ্নের কোনও উত্তর দেননি। সঞ্জীবচন্দ্র ঠাট্টা করে বলেছিলেন কিছুদিন পর্যন্ত মেয়েটির মনে শৈশব ও কাপালিকের প্রভাব থাকলেও অতঃপর স্বামী সন্তান সংস্পর্শে অতীত ভুলে যাবে। বঙ্কিমচন্দ্র অবশ্য অগ্রজের মতের অনুগামী ছিলেন না, কপালকুণ্ডলা উপন্যাসখানি তার প্রমাণ।"৬